上诉人桂林集琦药业股份有限公司(以下简称桂林集琦公司)因技术转让合同纠纷一案，不服桂林市中级人民法院(2006)桂市民初字第147号民事判决，向本院提起上诉。本院2007年6月25日受理后，依法组成合议庭，于2007年7月31日公开开庭进行了审理。上诉人桂林集琦公司的委托代理人唐增俐，被上诉人湖南医药工业研究所(以下简称湖南医药研究所)的委托代理人陈海波、楼滨洪到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。

桂林市中级人民法院认定：2002年10月14日，桂林集琦公司(甲方)与湖南医药研究所(乙方)，签订了一份技术转让合同，合同约定：一、转让标的为：1、四类新药盐酸左氧氟沙星滴眼液的生产技术、相关专利及全套报批资料。2、该新药的证书及署名权归甲、乙双方所共有，署名时，乙方在前，甲方在后;生产批文及署名权归甲方所有。二、技术成果转让要求和验收标准为：1、确保工艺的先进性和成熟性。2、确保工艺技术在工业化生产中的可行性。3、获得具有甲、乙双方名称的新药证书和甲方名称的生产批文。4、负责指导生产出三批合格的中试产品。三、技术转让总费为人民币90万元，分四次支付：签订合同后，甲方支付第一笔18万元，合同正式生效;乙方交付申报生产资料后15日内，甲方支付给乙方36万元;技术资料通过广西壮族自治区药品监督管理局审查并被国家药品监督管理局受理后15日内，甲方支付给乙方18万元。合同中，双方还约定，乙方要保证该技术不存在侵权和权属的纠纷，负责该产品开发研制工作和新药研究全套技术资料的整理。负责解决申报过程中的全部技术问题。保证及时按国家药品监督管理局要求完善和补充有关资料。承担该新药研究过程及向国家药品监督管理局申报工作并承担审批生产前的一切费用。在甲方首付款后一个月将该药全套申报资料交给甲方。对违约责任的约定为：一、如甲方未能按合同约定的时间付款，应及时通知乙方并说明原因，否则，付款时间超过一个月，甲方应按同期银行利息向乙方支付滞纳金，若甲方确定不再接受该项目并停止支付转让费，或甲方拖延应付合同款三个月以上，则本合同终止，乙方不退还甲方已支付的全部费用。同时，乙方有权将该项技术另行转让。2、如因乙方技术原因使该项目未能通过审批，本合同终止，乙方应在合同终止后一个月内退还甲方已付的全部费用。

合同签订后，桂林集琦公司于2002年12月30日向湖南医药研究所支付了18万元;2003年4月7日又向湖南医药研究所支付了36万元。2004年3月23日广西壮族自治区药品监督管理局接受了双方当事人提交的新药注册申请资料。同月25日，该申请通过广西壮族自治区药品监督管理局的审查，被批准同意上报国家食品药品监督管理局审批。2004年4月13日国家食品药品监督管理局药品注册司受理了双方当事人提交的新药注册申请。该项目的申请资料经过国家食品药品监督管理局药品审评中心的技术审评后，该中心认为尚需对该产品的安全性、有效性及质量控制方面的资料进行补充。2004年10月14日国家食品药品监督管理局药品审评中心向双方当事人发出了要求补充资料的通知。2005年5月11日国家食品药品监督管理局向双方当事人发出了批件号：2005L01544的审批意见通知件，对该申请予以退审。该文件说明了审批意见为：“经审查，鉴于本品虽为98年有省局批准进行临床试验的品种，但本品2003年才申报生产。国内外已分别于2000年、2002年批准上市了0.5%和0.3%规格左氧氟沙星滴眼液。结合对左氧氟沙星抗菌活性和耐药性方面的已有认识，本品应进行正规的剂量探索，明确规格的合理性，正确推荐临床用法用量及疗程，同时为临床有效应用及不诱导左氧氟沙星耐药性提供依据。申报单位未按补充通知要求提供相关研究资料，故予以退审。如申报单位仍愿继续开发本品，须设计合理的规格，并完善相应临床研究”。双方当事人在接到国家食品药品监督管理局的退审通知后，又向湖南省食品药品监督管理局申请药品注册。该局于2005年6月7日签收了双方提交的申请资料。之后，双方又向国家食品药品监督管理局对该项目进行申报。国家食品药品监督管理局于2006年2月6日发出了批件号：2006L00278的审批意见通知件。又对该申请予以退审，并说明了本次维持原2005L01544的退审意见。

2006年3月28日桂林集琦公司向湖南医药研究所发出了关于终止《盐酸左氧氟沙星滴眼液转让合同》的函告，提出要求终止双方签订的《盐酸左氧氟沙星滴眼液转让合同》，要求湖南医药研究所退回其已经支付的技术转让费54万元，并要求湖南医药研究所在接到本函告三日内就退款问题同其协商。同年4月6日，湖南医药研究所回函桂林集琦公司称，根据双方签订合同的约定，桂林集琦公司没有在约定的期限内支付第三笔款项，可以视为桂林集琦公司早已违约而终止合同，不退还桂林集琦公司已经支付的全部费用。但本着友好合作、风险共担的原则，愿意以其他已获临床批件的奥卡西平及片剂、胶囊，盐酸米多君及片剂、胶囊等项目代替“盐酸左氧氟沙星滴眼液”…